El DEI nace de experiencias vividas en carne propia por los fundadores de la institución. Ellos, juntos con los grupos populares de sus lugares de inserción y en diálogo con los/las líderes comprometido-a-s de América del Sur, enfrentaron situaciones que retaban la dignidad humana. Habían experimentado lo que puede lograr un pueblo que analiza, cuestiona y entiende su realidad, aprende a partir de lo vivido, descubre que puede modificar el curso de los eventos, cuando pasa de observador y victima de las circunstancias a agente de cambio.
Hugo Assmann, brasileño, procedente de Chile, llegó como exiliado a Costa Rica al comienzo de 1974, meses después del golpe de Estado contra el legítimo presidente Salvador Allende. Assmann traía consigo un sueño y encontró en la democrática Costa Rica, de aquel entonces, la tierra fértil para realizarlo, contó con la ayuda de intelectuales costarricenses, quienes recibieron con entusiasmo y compromiso el proyecto soñado por Hugo, el cual consistía en fundar un centro interdisciplinario de investigación, formación y publicaciones desde la perspectiva de la teología de la liberación y su opción por los pobres.
El mundo ecuménico, de aquellos años, se hallaba en uno de sus mejores momentos. Muchos de los teólogos ecuménicos del Cono Sur, se vieron obligados a exiliarse en Europa, entre ellos: Julio de Santa Ana, Aarón Sapsecian y Emilio Castro. Allí, Julio de Santana creo el programa Comisión de Iglesias Para el Desarrollo (CCPD), con el respaldo del Secretario general del Consejo Mundial de Iglesias; el teólogo jamaiquino Philip Potter. Julio de Santa Ana, acompañado de Aarón Sapsesian, viajó a Costa Rica en 1976 representando a CCPD, con el proyecto de crear una red latinoamericana de organismos ecuménicos, independientes de las estructuras eclesiásticas. El CCPD fue el organismo de cooperación ecuménica que hizo el primer aporte financiero al DEI, que inició formalmente sus labores el 24 abril de 1977. El primer texto que trabajó el equipo fue el borrador presentado por F. Hinkelammert: Las Armas ideológicas de la muerte.
Pronto, se unieron a él: Franz Hinkelammert y Pablo Richard, también exiliados. Años después, el grupo de los fundadores integró a Elsa Tamez, José Duque, Helio Gallardo y los/las que hoy laboramos en el DEI.
